Chez l'homme, les organes génitaux comprennent le pénis et le rectum qui sont externes au corps, et la prostate, les vésicules séminales et différents conduits du tractus génital, à l'intèrieur de la cavité abdominale (cf. schéma ci-dessous). L'appareil génital masculin est chargé d'élaborer le sperme et de le transférer chez la femme.
Le pénis est constitué d'un tube central (= l'urètre), voie de passage de l'urine lors de la miction, ou du sperme au cours de l'acte sexuel. L'urètre relie la vessie, où l'urine est stockée, à un orifice à l'extrémité du pénis : le méat. Le sperme pénètre dans l'urètre lors de l'acte sexuel par deux conduits, les canaux séminaux ou déférents, qui s'y jettent sitôt après qu'il a quitté la vessie. Un anneau musculaire étroit à l'orifice de sortie de la vessie ferme le passage urètral de sorte que seule l'urine puisse y pénétrer lorsque cela est souhaitable.

Au repos, le pénis prend au devant du scrotum, le sac ridé qui contient les testicules, à l'état de flaccidité. Sa longueur varie de 6 à 12 cm. Lorsqu'il est sexuellement stimulé (cf. la masturbation ou la fellation), il se dresse (= érection), pointant légèrement vers le haut. Il est alors long de 10 à 20 cm. L'extrémité du pénis (= le gland) en est la partie la plus sensible. La vallée derrière le gland est le sillon balano-prépucial, la partie la plus longue du pénis est son corps ou hampe, et la portion qui est reliée à la partie infèrieure de l'abdomen est la racine.